基于TCGA数据库分析肝细胞癌组织UCK2、PRIM1和DNTM1基因水平对患者预后的影响

• 作者: 赵艺 卢秉久
• 来源期刊: 实用肝脏病杂志
• 关键词: 肝细胞癌 TCGA数据库 差异基因 COX回归模型 UCK2 PRIM1 DNTM1
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 肝癌|Hepatoma
• 页码范围: 729-732
• 页数: 4页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5069.2021.05.031

摘要

目的 通过分析TCGA数据库肝细胞癌(HCC)组织基因组数据,分析差异基因,寻找影响肝癌患者预后的分子标志物.方法 搜索癌症基因图谱(TCGA)数据库,查找HCC组织差异基因及临床和病理学资料,进行基因筛选和生存分析.根据差异基因水平,以fdr=0.05和lgFC=1为筛选依据,绘制生存曲线,选择基因集"c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt"行KEGG富集分析.结果 在TCGA-LIHC数据库,收集374例HCC组织和50例癌旁组织所对应的临床和病理学参数;高风险组HCC患者总体生存率显著低于低风险组患者;研究筛选出具有显著水平性基因DNTM1、PRIM1和UCK2,进行GSEA富集分析,GSEA显示了许多显著丰富的信号通路,进一步证明了上述基因与HCC发生及与患者预后的显著性关系,从而揭示了HCC组织DNTM1、PRIM1和UCK2基因水平对生存有显著性影响.结论 通过TCGA数据库筛选和验证,发现HCC患者癌组织UCK2、PRIM1和DNTM1基因水平显著上调,而CYP2C9基因显著下调,它们可以作为肝癌的分子标志物而指导临床,判断预后.