应用生物信息学的方法筛选验证胃癌预后相关的关键基因

• 作者: 王华桥 窦婷亭 方效昌 杨铁成 石丽稳 杨丽洁 王丹雯 李炫飞 冯茂辉
• 来源期刊: 中华实验外科杂志
• 关键词: 胃癌 差异表达基因 生物信息学 预后
• 年，卷（期）: 2021,（10）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 2003-2006
• 页数: 4页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn421213-20210112-01020

摘要

目的:基于生物信息学的方法分析胃癌的基因表达谱，探讨可能参与胃癌发生发展及影响其预后的差异表达基因(DEGS)。方法:从基因表达综合数据库(GEO)数据库下载3个mRNA芯片数据集GSE33651、GSE54129和GSE118916进行分析，获得基因表达谱，以差异倍数[|log Fc(foldchange)|]>1、校正后 P值(adj P)<0.05作为标准筛选差异基因，然后应用在线工具维恩图(venn)获得3个数据集的共有差异基因，获得192个上调基因和65个下调基因。通过STRING和Cytoscape构建了DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络，筛选分值最高的10个差异基因为关键基因。京东基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)用于功能富集分析。使用GEPIA、Oncomine和Kaplan-Meier在线网站来分析核心基因的表达和总体生存率(OS)，以 P<0.05为差异有统计学意义。 结果:通过3个数据集交集获得257个DEGs，其中包括192个上调基因和65个下调基因，这些基因生物学功能主要富集在糖衍生物结合、受体结合及大分子络合物结合，主要参与局部粘连、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路及细胞外基质受体相互作用的调节。在PPI网络中筛选出10个关键基因，Kaplan-Meier生存曲线显示，在胃癌患者中纤维连接蛋白1(FN1)、细胞表面跨膜糖蛋白分子44(CD44)、α1-Ⅰ型胶原基因(COL1A1)、α2-Ⅰ型胶原基因(COL1A2)、整联蛋白αM(ITGAM)、基质金属肽酶-2(MMP-2)、整联蛋白β2(ITGB2)高表达与更差预后明显相关，而重组人趋化因子8(CXCL8)高表达与更好预后相关。其中，FN1、COL1A1、CD44、COL1A2、ITGB2和CXCL8均在胃癌组织中高表达。结论:FN1、COL1A1、CD44、COL1A2、ITGB2与胃癌的发生及预后明显相关。