基于生物信息学方法筛选与肝细胞癌发生和预后 相关的潜在关键基因

• 作者: 吴力群 石华盛 辛洋 韩冰
• 来源期刊: 精准医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 癌,肝细胞 计算生物学 数据库,遗传学 数据挖掘 基因表达 存活率分析 预后 病因学 生物标记,肿瘤 分子靶向治疗
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 367-371
• 页数: 5页
• 分类号: R735.7|R319.1
• 字数: 4082字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13362/j.jpmed.202004021

摘要

目的 基于生物信息学方法筛选与肝细胞癌(HCC)发生和预后相关的潜在关键基因.方法 通过对TCGA和GEO数据库中的多个数据集的分析,筛选HCC组织与癌旁正常组织的差异表达基因,利用在线网站DAVID 6.8对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并且通过String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),确定其中与HCC发生密切相关的关键基因.通过单因素Cox分析筛选与预后相关的差异基因,将P<0.0001且与预后相关的差异表达基因进一步通过多因素Cox回归分析,筛选出与HCC预后相关的关键基因,根据预后风险评分的中位值将HCC患者分为低风险组和高风险组,并构建HCC预后风险模型.结果 从TCGA数据库和GEO数据库中筛选出400个HCC组织与正常组织差异表达的基因,GO功能富集分析和KEGG通路富集分析显示这些基因主要参与细胞分裂过程和肿瘤代谢途径.通过PPI分析,筛选出10个与HCC发生紧密相关的关键基因(CDK1、CDC20、CCNA2、CCNB2、CCNB1、MAD2L1、KIF11、BUB1B、TOP2A和NDC80).构建的预后风险模型显示,与预后密切相关的关键基因为ADH4、EZH2、SF3B4、ALDH2、FTCD、PON1、HMMR、KPNA2、MELK、SOCS2、SPP1和TRIP13,并且低风险组患者的预后显著好于高风险组(P<0.0001).结论 本研究筛选出的与HCC发生密切相关的基因10个及与HCC预后密切相关的基因12个,可能是HCC治疗的潜在靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴力群	青岛大学附属医院肝脏病中心	141	701	12.0	20.0
2	韩冰	青岛大学附属医院肝胆胰外科	32	98	5.0	8.0
3	石华盛	青岛大学附属医院肝脏病中心	1	0	0.0	0.0
4	辛洋	青岛大学附属医院肝脏病中心	2	5	1.0	2.0