基于生物信息学分析的肝细胞癌预后相关基因的筛选

• 作者: 吴磊 孙厚芳 李百会 杨莉莉 颜次慧
• 来源期刊: 中国肿瘤生物治疗杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肝细胞癌 生物信息分析 预后相关基因 基因本体分析 京都基因与基因组百科全书分析 蛋白质相互作用网络
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 431-439
• 页数: 9页
• 分类号: R735.7|R730.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.3872/j.issn.1007-385x.2019.04.010

摘要

目的:利用生物信息学方法筛选出肝细胞癌 (HCC) 组织与正常肝组织之间差异表达基因 (DEG), 从转录组层面分析这些候选基因参与HCC发生发展的内在机制及其与HCC患者预后相关基因的临床意义.方法:分别从基因表达数据库 (GEO) 及人类癌症基因组图谱 (TCGA) 网站中下载GSE45267、GSE64041、GSE84402和TCGA中的基因表达谱, R软件和Bioconductor安装包用于筛选HCC组织与癌旁组织之间DEG, 然后对这些DEG进行基因本体 (GO) 富集分析、京都基因与基因组百科全书 (KEGG) 通路分析、蛋白质相互作用 (PPI) 网络分析及生存分析.结果:共筛选出46个上调基因和154个下调基因, GO富集分析显示, 这些DEG主要与细胞分裂、增殖、周期调控、氧化还原过程及某些代谢途径密切相关;KEGG通路分析显示DEG主要与色氨酸、视黄醇等代谢途径及P53通路有关.在TCGA数据集中, 6个上调的中枢基因CCNA2、CDK1、DLGAP5、KIF20A、KPNA2、MELK的过表达被认为与HCC患者预后呈明显负相关 (均P<0.01) .结论:筛选出的一组与预后负相关的中枢上调基因对HCC诊断和治疗的临床研究可能具有潜在的指导价值.