基于生物信息学分析筛选舌鳞状细胞癌核心基因及其预后价值

• 作者: 吕媛 易尚辉 查文婷 黄成
• 来源期刊: 医学信息
• 学科: 医学
• 关键词: 舌鳞状细胞癌 生物信息学 核心基因 共表达网络
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 专题研究
• 页码范围: 6-12
• 页数: 7页
• 分类号: R739.91
• 字数: 3929字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-1959.2020.03.002

摘要

目的 通过对GEO数据库提供的基因芯片数据进行挖掘,结合生物信息学分析基因表达谱,获取舌鳞状细胞癌(TSCC)核心基因,利用生存分析初步验证核心基因对舌鳞状细胞癌的预测效果.方法 从GEO数据库下载舌鳞状细胞癌相关芯片数据(GSE9844),获得了26例TSCC组织样本和12例癌旁组织样本的全基因组转录组谱,采用SAM算法筛选出TSCC与癌旁组织间的差异表达基因,并借助GEO的gene信息库对基因功能进行描述,筛选出TSCC与癌旁组织间的差异细胞信号通路,构建决定TSCC的基因共表达网络,通过GEPIA数据库来初步验证共表达网络中的核心基因是否与TSCC患者的生存预后存在相关性.结果 筛选出2074个差异表达基因,包括1119个上调基因和955个下调基因.以2074个差异表达基因作为共表达网络的构建基础,共纳入230个差异表达基因,筛选出5个TSCC核心的基因(ADCY4、PLA2G12A、MAOB、PDE2A、CYP2C9),通过GEPIA数据库对核心基因进行生存分析,初步验证共表达网络中高表达的ADCY4基因与TSCC总体生存率呈正相关(P=0.014),高表达PLA2G12A基因与TSCC总体生存率呈负相关(P=0.0029),MAOB、PDE2A及CYP2C9基因患者生存率比较,差异无统计学意义(P>0.05).结论 通过生物信息学方法分析影响TSCC的核心基因,最终筛选出2个差异表达非常显著且对患者预后影响明显的基因,对TSCC的诊断和预后治疗提供了新思路,提高TSCC机制的研究效率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吕媛	湖南师范大学医学院	80	439	12.0	16.0
2	易尚辉	湖南师范大学医学院	39	194	7.0	12.0
3	查文婷	湖南师范大学医学院	30	204	11.0	13.0
4	黄成	湖南师范大学医学院	2	0	0.0	0.0