食管鳞状细胞癌相关miRNA的生物信息学分析

• 作者: 周荣秒 曹诗茹 李琰 王娜 霍向然 黄茜
• 来源期刊: 河北医学
• 关键词: 食管鳞状细胞癌 microRNA 生物信息学分析 GSE114110
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 925-931
• 页数: 7页
• 字数: 3148字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-6233.2020.06.010

摘要

目的:应用生物信息学方法,分析食管鳞状细胞癌miRNA表达谱,筛选差异miRNA并预测其靶基因,分析其生物学功能.方法:下载GEO数据库食管鳞状细胞癌miRNA表达谱芯片数据GSE114110,应用GEO2R软件对数据进行处理分析,筛选差异表达miRNA;应用GEO数据库食管鳞状细胞癌miRNA表达谱芯片数据GSE97049、GSE59973、GSE55856、GSE43732对所筛选出的差异表达miRNA进行验证;应用miRNet预测其靶基因;采用DAVID进行生物功能富集分析;通过String、Cyto-scape构建靶基因的蛋白-蛋白互作网络并筛选Hub基因,进一步构建miRNA-Hub gene网络;利用star-Base在线分析工具分析Hub基因的表达情况.结果:分析GSE114110芯片数据共筛选出159个DE-miRNAs,在食管癌组织中表达上调的86个,下调的73个.预测上调幅度前三名和下调幅度前三名miRNA的靶基因1700个,它们参与癌症通路、黏着斑、p53信号通路等.在P P I网络中,靶基因连通度最高的前十名为Hub基因,如MAPK1等.通过构建miRNA-Hub gene网络,我们发现大部分Hub基因都可能被hsa-miR-196a-5p和hsa-miR-1调控.hsa-miR-1调控的7个靶基因CDC42、POLR2K、PIK3CA、POLR2I、HIST2H2AC、FN1、VEGFA的表达在ESCC组织中较正常组织明显上调,hsa-miR-1与靶基因之间存在着负相关关系.因此,显著上调的7个基因可能是下调hsa-miR-1的靶点.结论:通过生物信息学方法分析食管鳞癌组织和正常上皮组织的差异DE-miRNAs表达,最终筛选出2个差异显著的miRNA和7个关键的Hub基因为进一步研究食管鳞癌的分子标志物和分子机制提供指导.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王娜	河北医科大学第四医院分子生物学研究室	169	940	16.0	22.0
2	李琰	河北医科大学第四医院分子生物学研究室	31	94	5.0	7.0
3	周荣秒	河北医科大学第四医院分子生物学研究室	18	38	4.0	5.0
4	黄茜	河北医科大学第四医院分子生物学研究室	11	53	5.0	6.0
5	曹诗茹	河北医科大学第四医院分子生物学研究室	3	10	2.0	3.0
6	霍向然	河北医科大学第四医院分子生物学研究室	7	16	2.0	4.0