综合生物信息学分析鉴定与胃癌预后相关关键基因

• 作者: 唐永曜 宋晶 缪诗琪 蔡璟 宋方洲
• 来源期刊: 陆军军医大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 生物信息学 胃癌 预后 加权基因共表达网络分析 差异共表达基因
• 年，卷（期）: 2022,（6）
• 所属期刊栏目: 基础医学|Basic Medicine
• 页码范围: 522-532
• 页数: 11页
• 分类号: R318.04|R730.7|R735.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.16016/j.2097-0927.202201028

摘要

目的 综合生物信息学方法分析识别与胃癌预后相关关键基因,探讨其能否作为胃癌预后预测的潜在生物标志物.方法 从美国高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌患者基因芯片数据集(GSE79973)并在癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中获取胃癌转录组数据和相应临床资料.利用R软件中的Limma和WGCNA程序包筛选差异共表达基因.使用ClusterProfler程序包对差异共表达基因进行GO和KEGG富集分析.采用STRING数据库对差异共表达基因进行蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,并用Cytoscape软件筛选关键基因.通过在线工具GEPIA2验证关键基因的转录表达情况,利用Kaplan-Meier单因素生存分析鉴定与胃癌预后相关的关键基因.最后采用RT-qPCR和免疫组化方法验证预后相关关键基因的差异表达.结果 共筛选出18个差异共表达基因,通过PPI网络分析,识别出10个关键基因(TNFRSF11B、HOXC10、HOXA10、TEAD4、GKN2、GKN1、SALL4、SGK1、ANGPT2、NKX6-2).生存分析结果显示HOXA10(P=0.014)和ANGPT2(P=0.002)的高表达可能与胃癌患者预后生存较差有关,RT-qPCR和免疫组化结果显示其在胃癌组织中高表达(P＜0.05).结论 HOXA10和ANGPT2是胃癌预后相关关键基因,可作为胃癌临床治疗和预后预测的潜在生物标志物.