藏猪肺组织新转录本注释及功能解析

• 作者: 袁浩楠 杨雅楠 杨天良 权金强 赵生国
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 藏猪 新转录本 基因结构优化 低氧适应性
• 年，卷（期）: 2022,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告|Articles and Letters
• 页码范围: 485-495
• 页数: 11页
• 分类号: S828.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2022.03.007

摘要

藏猪(Sus scrofa)是高原生境中的代表性非模式动物,对其高原反应机制的研究可为其他动物低氧适应机制的探索提供参考依据.为了完善和优化藏猪基因组注释信息,解析藏猪肺组织在转录水平上对低氧环境的响应特征,本研究对不同海拔藏猪的肺脏组织进行RNA-seq测序,构建cDNA文库,将重新组装的测序数据与藏猪参考基因组进行比对分析.结果显示,本研究延伸了334个基因的5'端和3'端,并对1313个基因的5'端和2734个基因的3'端分别实现了延伸;挖掘新转录本809个,其中95个新转录本在不同海拔间的表达差异显著(P<0.05).GO分析显示差异新转录本在细胞代谢、酶催化活性和细胞组分等过程被显著富集(P<0.05);KEGG富集发现差异新转录本显著富集在程序性细胞坏死和核因子κB(nuclear factor-κB,NF-κB)炎症信号等通路(P<0.05).随机挑选9个显著差异的新转录本进行qPCR验证,结果与RNA-seq一致.本研究为完善藏猪基因组注释信息提供了有益补充和借鉴,为进一步研究藏猪适应不同海拔环境的遗传机制提供参考依据.