基于SMRT技术的水杉全长转录组分析及基因功能注释

• 作者: 刘小红
• 来源期刊: 湖南农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 水杉 单分子测序技术 全长转录组 基因 功能注释
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 生物科学与技术|Bioscience and Biotechnology
• 页码范围: 27-32
• 页数: 6页
• 分类号: Q943.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.13331/j.cnki.jhau.2022.01.005

摘要

以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经mRNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SM RT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析.结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长转录组测序共获得了包含5914711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据,质量控制处理后包括236130个全长非嵌合读段(reads)和97626个一致性reads;转录本经去冗余处理后共获得61057个全长一致性读段(unigenes),其中有54099个被成功注释到7个数据库中,注释比达88.60％;对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析,其CDS长度范围为144～6477 nt,平均长度约为679 nt;共检测到2386个转录因子,这些转录因子可以归类为29个家族.