面向基因调控网络的弱关联调控优化方法

• 作者: 王夙加 刘云奇 孙启轩 高任飞 王之琼
• 来源期刊: 智库时代
• 学科: 社会科学
• 关键词: 弱关联调控 互信息 洪水—剪枝 K-means聚类算法 优化方法
• 年，卷（期）: 2022,（17）
• 所属期刊栏目: 智者论道
• 页码范围: 207-210
• 页数: 4页
• 分类号: G250.72
• 语种: 中文

摘要

基因调控网络的分析与研究是功能基因组学研究领域的重要课题之一，同时也是现今为止生物信息学研究的热点之一。近年来，在基因调控网络的构建方面，已经有了一些研究进展。但是，在网络构建过程中仍然存在大量的冗余边，导致了网络准确率较低的问题。基于此，本文提出了一种面向基因调控网络的弱关联调控优化方法（Weak Correlation Regulation Optimization Method for Gene Regulatory Network, WRO）。首先，采用互信息方法计算任意两个基因之间的关联程度。其次，先采用洪水—剪枝算法通过数据处理等级划分（Data processing classification，DPI）来计算基因间的弱关联调控关系，再采用重要程度评分结合K-means聚类算法计算基因间的弱关联调控关系。再次，综合衡量两种算法的弱关联调控边，若同时判断为弱关联调控则删除该边。最后，通过实验验证，与其他的传统优化方法相比，WRO有效地提高了基因调控网络的准确率等指标。