天津市输入性基孔肯亚病毒全基因组序列分析

• 作者: 谭昭麟 吕莉琨 谢彤 李力 吕杰 李晓燕
• 来源期刊: 中华检验医学杂志
• 关键词: 高通量核苷酸测序 基孔肯亚病毒 毒力
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 174-179
• 页数: 6页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20210427-00271

摘要

目的:分析天津市1例输入性基孔肯亚病毒（CHIKV）的全基因组序列特征与进化，为CHIKV的监测与防控提供科学依据。方法:收集2019年11月4日于天津市第二人民医院采集的血清标本200 μl提取核酸，设计叠瓦式引物扩增CHIKV基因组全长，然后利用Illumina Miniseq平台进行高通量测序。结果:本研究的CHIKV属于ECSA基因型印度洋分支，与大部分中国分离株一致，相似性为92.72%~99.86%，在国际上与巴基斯坦分离株亲缘关系最近（99.74%）。天津CHIKV在关键位点E1-D284E和E2-I211T处有两处突变，与ECSA基因型一致。此外，天津CHIKV还具备两个关键毒力位点E2-12T和E2-82G，以及nsP3-R524Opal终止子突变。结论:天津CHIKV具备较强毒力，且具备在白纹伊蚊中传播的能力，提示应继续加强对CHIKV的监测。