胃癌中IRX1基因的表达及生物信息学功能预测

• 作者: 于颖彦 刘炳亚 朱正纲 林言箴 潘玉申 计骏
• 来源期刊: 外科理论与实践
• 学科: 医学
• 关键词: 胃肿瘤 基因,IRX1 基因表达 生物信息学
• 年，卷（期）: 2006,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 514-518
• 页数: 5页
• 分类号: R73
• 字数: 3217字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-9610.2006.06.015

摘要

目的:研究胃癌中同源盒基因IRX1的表达并分析该基因的结构与功能特征.方法:从NCBI基因数据库中提取IRX1基因(NM-024337)编码序列及5'端转录起始点上、下游各3,000 bp,利用生物信息学程序进行基因结构与蛋白同源性分析;对7株人胃癌体外培养细胞株及57例胃癌采用半定量RT-PCR方法检测IRX1基因mRNA表达.结果:IRX1基因转录起始点上游富含CpG岛;基因编码蛋白质含有HOX与IRO两个模序,3'端第400～450氨基酸为富含脯氨酸区域;IRX1～IRX6为高度同源性蛋白.7株胃癌细胞株中4株IRX1表达消失,3株表达降低.57例正常胃粘膜有IRX1 mRNA表达,但对应的胃癌组织中20例(35.09%)mRNA表达下降,其中肠型胃癌占65%.结论:IRX1基因在胃癌中呈不同程度的表达下调,并与胃癌的形态学表型,尤其是肠型胃癌明显相关.IRX1基因转录起始点上游存在高甲基化结构基础.