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摘要:
背景与目的:生物信息学是一门由数学、统计学、计算机科学与生物医学交叉结合的新兴科学,在研究肿瘤差异表达基因方面起到越来越重要的作用.本研究主要应用此方法对乳腺增生症病变组织与乳腺癌组织的基因表达差异进行研究,发现其中一乳腺癌高表达基因c11orf59,对其进行初步的生物信息学分析.方法:使用肿瘤基因组解剖计划(cancer genome anatomy project, CGAP)数据库的数字基因表达演示(digital gene expression displayer ,DGED)工具,筛选在乳腺增生症病变组织和乳腺癌组织来源基因表达系列分析(serial analysis of gene expression, SAGE)文库中差异表达的基因,并用生物信息学方法对其中一条功能未知基因c11orf59进行初步分析,预测其基因结构、染色体定位、编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位、表达谱、蛋白质结构功能域及在其他物种中的相似蛋白等.最后通过半定量RT-PCR对c11orf59在乳腺增生症病变组织及乳腺癌中的表达进行初步论证.结果:通过上述方法共找出差异表达基因185条,对c11orf59序列进行了初步的生物学分析,明确了该基因编码蛋白为一核蛋白,可能参与了细胞周期的调控,使其增殖活跃并产生恶变.并初步用实验方法证实了其在乳腺癌中的表达情况.结论:以生物信息学挖掘公共SAGE文库是研究肿瘤基因差异表达的新方法,c11orf59是一个有意义的乳腺癌分子机理研究靶点.
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文献信息
篇名 乳腺癌高表达基因c11orf59的生物信息学分析
来源期刊 中国癌症杂志 学科 医学
关键词 生物信息学 SAGE库 乳腺癌 c11orf59基因
年,卷(期) 2007,(7) 所属期刊栏目 论著
研究方向 页码范围 509-513
页数 5页 分类号 R737.9|R730.2
字数 5219字 语种 中文
DOI 10.3969/j.issn.1007-3639.2007.07.001
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 卢运萍 华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤生物医学中心 130 1016 16.0 25.0
2 周剑峰 华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤生物医学中心 115 270 8.0 9.0
3 杨辉 华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤生物医学中心 52 362 9.0 17.0
4 朱涛 华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤生物医学中心 19 93 6.0 9.0
5 蒋学锋 华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤生物医学中心 3 4 1.0 2.0
传播情况
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研究主题发展历程
节点文献
生物信息学
SAGE库
乳腺癌
c11orf59基因
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
中国癌症杂志
月刊
1007-3639
31-1727/R
大16开
上海市东安路270号
4-575
1991
chi
出版文献量(篇)
4217
总下载数(次)
6
总被引数(次)
35621
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:the National Natural Science Foundation of China
官方网址:http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:数理科学
论文1v1指导