丹参中病程相关蛋白基因SmSTH-2的生物信息学分析

• 作者: 刘丛玲 曹晓燕 王喆之
• 来源期刊: 植物生理学通讯
• 学科: 农学
• 关键词: 病程相关蛋白 丹参 实时荧光定量PCR 生物信息学
• 年，卷（期）: 2007,（6）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1025-1030
• 页数: 6页
• 分类号: S5
• 字数: 3576字
• 语种: 中文

摘要

对丹参cDNA文库的表达序列标签(EST)序列进行BLAST分析显示,其中一条序列与病程相关蛋白基因STH-2有较高的同源性.该序列全长691 bp,包含1个长483 bp的开放阅读框(ORF),编码160个氨基酸,命名为SmSTH-2.生物信息学分析显示:SmSTH-2所编码蛋白的分子质量为17990 Da,等电点为5.15,富含谷氨酸、赖氨酸、甘氨酸、丝氨酸,无信号肽,属于稳定类蛋白.与NCBI注册的其他6种植物来源的病程相关蛋白基因编码的氨基酸序列的同源性在42%～46%之间.实时荧光定量PCR的方法检测丹参不同组织部位中SmSTH-2表达和病原菌对该基因诱导表达的影响的结果表明:SmSTH-2在植物的根、茎、叶中均有不同程度的表达,其表达丰度为根＞叶＞茎;丹参叶片接种黄瓜细菌性角斑病病原菌后,4 d内可诱导该基因的表达量持续增加.用PCR方法从基因组水平克隆到SmSTH-2的DNA序列,测序表明SmSTH-2的编码序列在DNA水平上含有一个71 bp的内含子,DNA序列注册号为EF621486.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王喆之		155	1966	25.0	35.0
5	曹晓燕		21	187	8.0	13.0
9	刘丛玲	陕西师范大学生命科学学院	1	4	1.0	1.0