新生大鼠脑缺血后脑室下区基因表达谱的生物信息学分析

• 作者: 周文浩 姚明珠 孙金峤 杨毅 沙彬 邵肖梅 高燕燕
• 来源期刊: 中国循证儿科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 早产 大鼠 缺血 脑 脑室下区 基因芯片
• 年，卷（期）: 2008,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 374-380
• 页数: 7页
• 分类号: R74
• 字数: 6930字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-5501.2008.05.010

摘要

目的 建立3日龄大鼠脑缺血模型,采用基因芯片分析新生大鼠未成熟脑缺血损伤后脑室下区(SVZ)基因表达谱的变化.方法 同窝3日龄大鼠随机分为实验组和对照组,采用双侧颈总动脉结扎法制备缺血性脑损伤模型,于不同时点取SVZ组织,采用Affymetrix Rat230 2.0基因表达谱芯片观察SVZ基因表达变化,芯片数据分别用3种不同方法分析,并用实时PCR方法验证芯片结果.结果 ①通过差异基因筛选,发现3日龄大鼠脑缺血损伤后SVZ有17个基因发生表达变化,其中上调基因10个,下调基因7个,这些基因参与多种功能的调节.②基于基因功能的表达趋势分析显示,在所有参与增殖、凋亡功能的基因中,转化生长因子-β(TGF-β)在3日龄大鼠脑缺血损伤后SVZ微环境基因表达变化中起枢纽作用.实时PCR验证结果显示,TGF-β1及Smad2于缺血后1、4和7 d表达均上升,7 d达高峰.③在参与Wnt、TGF、BMP和血管内皮生长因子(VEGF)通路所有基因组成的基因功能相似性网络中,有13个基因在网络中起核心调控作用,构成信号通路串话节点.结论 新生大鼠在脑缺血损伤后SVZ微环境中,参与神经新生的BMP、TGF、VEGF和Wnt通路间的串话可发生于信号转导通路中多个水平,TGF-β1对神经新生的调控起重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨毅		106	892	15.0	23.0
2	周文浩		96	846	18.0	26.0
3	邵肖梅		109	1876	22.0	38.0
4	孙金峤		32	164	7.0	12.0
5	高燕燕		2	7	1.0	2.0
7	姚明珠		8	138	6.0	8.0
11	沙彬		5	33	3.0	5.0