使用边扩增边连接技术以两步PCR反应制备两个癌症候选基因的重测序DNA文库

• 作者: 刘涛 张秀清 杨焕明 林琳 田埂 苏夜阳 许兴亚 陈晨 齐新捧
• 来源期刊: 中国科学C辑
• 关键词: 健康基因组学 新一代测序 测序技术 大规模基因组学 PCR测序
• 年，卷（期）: 2008,（12）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 1114-1122
• 页数: 9页
• 语种: 中文

摘要

近年来应大规模基因组学和遗传学研究发展的需要,能够提供"高通量、低成本、低劳动量"测序服务的新一代大规模并行测序技术应运而生.辅助其应用的生物信息分析软件和实验方法也层出不穷.而在关联研究如癌症研究中有广泛应用的基于PCR的基因组学和遗传学研究方法,却因其研究的目标区域较短,而较少地受益于采用"鸟枪法测序"策略的新一代测序技术.尽管已提出诸如"芯片捕获法"、"目标选择法"等技术克服这一难题,但这些方法对仪器和实验室操作的额外要求限制了它们的应用和推广.本实验提出一种能简便克服这一难题的"边扩增边连接方法"(Ligation by Amplification,LBA):使用一对"公用接头"和两步PCR反应将多个目标区域随机连接起来,其随机连接而成的长链产物可被简易地随机片段化并在新一代测序仪上测序.使用专门设计的、包含公用接头的LBA引物,将人类基因组保守编码序列中两个癌症相关基因:BRCA1和BRCA2的外显子进行扩增,并将所得到的70个扩增产物在一步PCR过程中进行边扩增边连接.所得的长链LBA产物经随机片段化后制备成可被传统Sanger测序法和新一代边合成边测序技术测序的DNA文库,分别在ABI 3730xl测序仪和Illumina/Solexa Genome Analyzer测序仪上进行测序.对目标序列的覆盖度、覆盖深度和单核苷酸多态性检测的有效性的生物信息学分析证明:运用本方法可高效地在新一代测序仪上进行基于PCR的重测序和遗传多态性研究,推动各种基于PCR的基因组学和遗传学研究的发展.