用分子对接方法研究HIV-1整合酶与病毒DNA的结合模式

• 作者: 常珊 柯国涛 王存新 胡建平 陈慰祖
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: HIV-1整合酶 病毒DNA 分子对接 结合模式 药物分子设计
• 年，卷（期）: 2008,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1432-1437
• 页数: 6页
• 分类号: O641
• 字数: 4054字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0251-0790.2008.07.030

摘要

用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′ Processing,3′-P)前的8 bp及27 bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27 bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的K14,R20,K156,K159,K160,K186,K188,R199和A链的K219,W243,K244,R262,R263是IN结合病毒DNA的关键残基;并从结构上解释了能使IN发挥活性的病毒DNA的最小长度是15 bp.通过分析结合能发现,IN与DNA稳定结合的主要因素是非极性相互作用,而关键残基与病毒DNA相互识别主要依赖于极性相互作用.模拟结果与实验数据较吻合.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈慰祖	北京工业大学生命科学与生物工程学院	59	243	8.0	11.0
2	王存新	北京工业大学生命科学与生物工程学院	82	340	9.0	13.0
3	胡建平	北京工业大学生命科学与生物工程学院	37	122	7.0	9.0
5	常珊	北京工业大学生命科学与生物工程学院	8	35	5.0	5.0
8	柯国涛	北京工业大学生命科学与生物工程学院	4	15	2.0	3.0