VP1蛋白结构特征预测及功能分析

• 作者: 任谦 崔步云 朱才众 李振军 熊鸿燕 马翔宇
• 来源期刊: 山西医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: EV71VP1 同源建模 生物信息学
• 年，卷（期）: 2009,（6）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 485-490,后插1
• 页数: 7页
• 分类号: R373.2
• 字数: 3468字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-6611.2009.06.002

摘要

目的 本文基于生物信息学方法 对EV71 VP1(enterovirus type 71 viral protein 1)蛋白进行系统结构与功能预测分析.方法 应用GOR4(Garnier-Osguthorpe-Robson方法 )、HNN(Hierarchical人工神经网络预测法)、PHD(多重比对人工神经网络比对预测结构法)、Predator(单序列分析人工神经网络预测结构法)、SOPMA(改进型自我优化预测结构法)等方法 预测EV71 VP1外壳蛋白的二级结构,SWISS MODEL服务器的同源建模方法 构建EV71 VP1的三级结构模型,并分析亲水性、柔韧性、抗原指数、表面可能性.结果 预测结果 表明EV71 VP1的二级结构以无规卷曲为主,其次为β-片层和α-螺旋,无β-转角.同源建模获得与VP1具有42%的序列一致性的已知结构的编号为1bev的蛋白质,进行VP1的同源建模并得到良好的建模评估效果;预测了可能的EV71 VP1抗原性区域.结论 综合多种策略预测EV71 VP1的二级结构和三级结构,为进一步研究开发相关药品以防治EV71感染提供理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱才众	第三军医大学预防医学院流行病学教研室	19	85	5.0	8.0
3	熊鸿燕	第三军医大学预防医学院流行病学教研室	157	1190	18.0	26.0
4	任谦	第三军医大学预防医学院流行病学教研室	11	72	5.0	8.0
5	崔步云	中国疾病预防控制中心传染病预防控制国家重点实验室	73	1226	15.0	32.0
6	李振军	中国疾病预防控制中心传染病预防控制国家重点实验室	20	128	6.0	11.0
7	马翔宇	第三军医大学预防医学院流行病学教研室	6	16	3.0	3.0