大黄鱼肌肉组织cDNA全长文库的构建及EST分析

• 作者: 李婷 杨斌 薛良义 黄伟
• 来源期刊: 台湾海峡
• 学科: 生物学
• 关键词: 海洋生物学 大黄鱼 肌肉组织 cDNA全长文库 表达序列标签(ESTs)
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 所属期刊栏目: 论文与报告
• 页码范围: 189-195
• 分类号: Q178.53
• 字数: 4736字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/J.ISSN.1000-8160.2010.02.007

摘要

以大黄鱼肌肉组织为材料,利用Creator Smart cDNA Library Construction Kit构建了大黄鱼肌肉组织的全长cDNA文库.文库质量分析表明:cDNA文库容量不低于1.68×106cfu/mm3,重组率达96%,插入片断的平均长度大于1 000bp.随机挑取512个cDNA 克隆进行5'端测序,其中430条ESTs的长度大于100bp;并初步拼接得到了230个单基因簇(unigene),其中包括58个重叠群(contigs),172个单拷贝ESTs(singletons),冗余度为46.51%.经检索,35个ESTs在BLASTx上无明显的同源性(E值≤ 1.00×10-10),为新基因.195个ESTs与已报道的基因有较高的同源性;其中与能量相关基因的ESTs丰度最高,占总数的20.00%.蛋白质合成、细胞骨架和信号传导次之,比例分别为13.48%、12.17%、10.00%,其中包括高迁移率族蛋白B1、瘦素受体、β1-热激蛋白等.这些EST数据为进一步筛选和克隆大黄鱼肌肉特异性表达基因提供了平台.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄伟	宁波大学生命科学与生物工程学院	31	240	9.0	15.0
2	薛良义	宁波大学生命科学与生物工程学院	82	601	14.0	21.0
6	李婷	宁波大学生命科学与生物工程学院	14	82	5.0	9.0
7	杨斌	宁波大学生命科学与生物工程学院	11	40	4.0	6.0