GPU加速的生物序列比对

• 作者: 唐敏 林江 童若锋
• 来源期刊: 计算机辅助设计与图形学学报
• 学科: 工学
• 关键词: Smith-Waterman算法 序列比对 CUDA
• 年，卷（期）: 2010,（3）
• 所属期刊栏目: 基于GPU的图形处理及其通用计算
• 页码范围: 420-427
• 页数: 8页
• 分类号: Q811.4|TP391
• 字数: 4961字
• 语种: 中文

摘要

为了精确高效地进行生物序列比对,提出一种GPU加速的Smith-Waterman算法.该算法使用菱形数据布局以更充分地利用GPU的并行处理能力;使用查询串分批处理技术来支持上百兆规模的序列比对;同时引入树形算法,以优化最大匹配值的计算.将该算法在一块NVIDIA GeForce GTX 285显卡上实现,并使用多组不同规模的生物序列进行了比对实验.实验结果表明,与CPU上的串行算法相比,采用文中算法最高可获得120倍以上的性能提升.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	唐敏	浙江大学计算机科学与技术学院	18	319	9.0	17.0
2	林江	浙江大学计算机科学与技术学院	16	245	9.0	15.0
3	童若锋	浙江大学计算机科学与技术学院	23	422	12.0	20.0