基于芸香科的植物通用DNA条形码研究

• 作者: 余华 刘震 姚辉 宋经元 庞晓慧 朱英杰 李西文 罗焜 陈士林 陈科力 马新业
• 来源期刊: 中国科学C辑
• 关键词: DNA条形码 ITS2 芸香科 鉴定
• 年，卷（期）: 2010,（4）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 342-351
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.1007/s11427-010-0089-1

摘要

植物DNA条形码研究是近10年来进展最迅速的学科之一,其通用序列的筛选一直是该领域研究的热点问题.2009年,生命条形码联盟植物工作组推荐rbcL+matK组成复合序列作为植物通用条形码,但其研究对象中近缘属、种较少,且物种水平鉴定成功率仅为72%,所以仍在进行验证和新序列的研究工作.本研究选取nrDNA ITS2序列,利用其具有11级结构的特性、通过不同物种类型模型判定全长,将其和目前热点候选序列(matK,rbcL,psbA-trnH,rpoCl,ycf5)及nrDNA ITS序列针对芸香科72属192种300个样本进行比较,试图在同一科属下更多近缘种存在时,真实判定候选序列的鉴定能力.结果表明,自行设计引物的ITS2序列具有较好的PCR扩增和测序成功率,在所考察的候选序列中具有最大的种间变异和较小的种内变异,且两者存在极显著差异,同时物种鉴定成功率最高,各评价指标均优于其他候选序列.证实ITS2序列在单一科属内的"高效性",故推荐其作为植物DNA条形码通用序列之一