姜科砂仁属植物DNA条形码序列的筛选

• 作者: 张玲 杨振艳
• 来源期刊: 云南植物研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 砂仁属 DNA条形码 matK rbcL-a trnH-psbA matK+trnH-psbA+rbcL-a
• 年，卷（期）: 2010,（5）
• 页码范围: 393-400
• 分类号: Q78|Q949
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1143.2010.10070

摘要

砂仁属(Amomum)隶属于姜科,全属约150种,我国有39种.该属多种植物可作药物或香料,但目前砂仁属的分类还不清楚.准确鉴定物种有很大难度.本研究利用DNA barcoding技术,对砂仁属50种121个个体的matK、rbcL-a、trnH-psbA序列及其不同组合进行比较,用Taxon DNA计算种间、种内barcoding gap,运用相似法的BLASTn计算条码的正确鉴定率,筛选适合砂仁属的条码片段.结果显示:所有条码的barcoding gap均不存在;matK的正确鉴定率高于trnH-psbA和rbcL-a,联合片段的条码正确鉴定率高于单片段条码,三个片段联合条码的正确鉴定率最高.因此,推荐matK+rbcL-a+trnH-psbA作为砂仁属物种鉴定的候选条码.