多样性增量结合支持向量机方法预测酵母核小体定位

• 作者: 刘佳 蔡禄 裴智勇 赵秀娟
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 核小体定位 多样性增量 支持向量机
• 年，卷（期）: 2010,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 421-428
• 页数: 8页
• 分类号: Q34
• 语种: 中文

摘要

作为目前遗传学热点领域表观遗传学的重要研究课题,核小体定位参与多种生物学过程并起着非常关键的作用,因此用理论方法预测核小体定位具有重要的生物学意义.该工作以酵母基因组为研究对象,根据其核心DNA与连接DNA序列的组分特征差异,分别统计其核苷酸K联体出现的频数,计算其多样性增量,并以此为特征值输入支持向量机构建模型.对酵母核小体核心DNA和连接DNA序列进行分类预测,整体准确率和相关系数分别达到93.10%和0.862.此方法在人类和果蝇的核小体核心DNA和连接DNA序列分类预测中也取得了较为理想的效果.将模型用于预测核小体在基因组上的位置取得初步成功.