东方山羊豆盐诱导抑制差减杂交文库构建及其表达序列标签分析

• 作者: Chapurin Vladimir Dzyubenko Nikolay 宋清晓 李玉坤 杨冬梅 王学敏 韩永增 高洪文
• 来源期刊: 植物遗传资源学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 东方山羊豆 盐诱导 抑制消减杂交 ESTs RT-PCR
• 年，卷（期）: 2010,（6）
• 页码范围: 777-783
• 分类号: Q94
• 字数: 4400字
• 语种: 中文

摘要

为筛选东方山羊豆盐诱导差异性基因,以250 mmoL/L NaCl处理的东方山羊豆cDNA为实验组,未经诱导刺激的为驱动组,利用抑制性消减杂交技术(SSH)构建消减文库并时其部分阳性克隆进行了ESTs序列分析.该消减文库克隆的重组率为92%,插入片段大部分集中在0.2～1kb之间.随机挑取500个克隆进行测序及同源性分析.获得258个cleanESTs,经聚类、拼接,去除冗余序列,共获得132个Unigene,其中舍有32个contigs和100个singlets,该文库的冗余度为24%.对其进行功能预测及分类,得到大量参与信号转导、转录调控、渗透和代谢调节、机体防御以及光作用等过程的相关基因.随机选择非重复的4个差异表达的序列设计引物,以半定量PCR方法验证其消减效率,结果显示,诱导组的表达量显著高于非诱导组,表明该文库有较高质量,且所采用的技术手段有助于快速发现东方山羊豆新功能基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王学敏	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	25	179	9.0	12.0
2	宋清晓	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	3	22	3.0	3.0
3	Chapurin Vladimir	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	1	5	1.0	1.0
4	韩永增	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	3	31	3.0	3.0
5	杨冬梅	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	2	18	2.0	2.0