高分辨熔解技术常用荧光染料的SNP基因分型能力比较

• 作者: 尤崇革 李晓军 李菲菲 郜莉娜
• 来源期刊: 临床检验杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: LC Green Syto 9 Eva Green 高分辨熔解技术 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2011,（8）
• 所属期刊栏目: 临床检验技术研究
• 页码范围: 575-577
• 页数: 3页
• 分类号: Q75
• 语种: 中文

摘要

目的 评价LC Green、Syto 9和Eva Green 3种高分辨熔解(HRM)染料对单核苷酸多态性(SNP)基因分型的能力.方法 以肿瘤坏死因子(TNF)基因启动子-857 C ＞T(rs1799724)位点为例,分别用上述3种荧光染料进行PCR-HRM检测,依据特征熔解曲线进行基因分型并测序验证.基因分型能力评价以野生型与纯合突变型PCR产物Tm值之差(△Tm)来表示.结果 PCR-HRM检测到4种特征熔解曲线,经测序后发现第4条为双突变杂合,包含-863C＞A(rs1800630)位点.HRM染料LC Green,Syto 9,EVa Green的基因分型能力分别为(0.52±0.030)℃、(0.51±0.066)℃和(0.39±0.152)℃.其中Syto 9野生型(CC)和突变型(TT)的变异系数(CV)均为0.03％,为3种染料中最低.结论3种染料均能用于HRM技术进行SNP基因分型,Syto 9和LC Green分辨率优于Eva Green,其中Syto 9易用性最好、Eva Green性价比最高.