11种植物psbA基因的密码子偏好性及聚类分析

• 作者: 何宁 吴政卿 晁岳恩 杨会民 杨攀
• 来源期刊: 核农学报
• 学科: 生物学
• 关键词: psbA基因 密码子偏好性 聚类分析
• 年，卷（期）: 2011,（5）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 927-932
• 分类号: Q943
• 语种: 中文

摘要

植物叶绿体psbA基因的启动子是叶绿体基因工程中常用的启动子,研究该基因的编码特点对完善叶绿体基因工程的研究设计、提高外源基因在受体物种中高效、稳定的表达具有重要作用。本研究综合运用了多种分析软件,对11种植物的叶绿体psbA基因进行了分析。结果表明,11种植物psbA基因的ENC（Effective Number of Codons）值都小于40,显示出了明显的密码子偏好性,即在碱基组成上偏爱以C结尾的密码子。RSCU（Relative Synonymous Codon Usage）值表明共有20个密码子在编码使用上具有偏好性,其中有8个表现出较强的偏好性;另有12个密码子在psbA中出现率极低或没有出现。在聚类分析中,基于密码子偏好性参数RSCU的聚类不能正确反映物种间的进化关系,而基于基因序列的聚类更适合作为系统发育分析的参考。