原核微藻psbA基因的密码子偏好性及聚类分析

• 作者: 侯惠静 吴子健 王素英
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 原核微藻 psbA 密码子偏好性 系统聚类
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 1296-1307
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2016.07.1296

摘要

D1蛋白是光合作用反应中心的一种蛋白,研究编码该蛋白的psbA基因密码子的偏好性及聚类分析对原核微藻的分类具有重要意义.本研究利用MEGA和Codon W软件分析psbA基因的碱基组成和密码子适应指数、有效密码子数及相对密码子使用度等参数.结果表明,不同种属原核微藻的psbA基因具有明显的密码子偏好性,且密码子使用模式多样,可反映该类群生物种属之间的亲缘关系.依据密码子偏好性的欧式平方距离系数进行聚类,证实密码子的偏好性与其物种的亲缘关系及进化存在一定的关系,其聚类结果可作为系统发育分析的重要补充.