13种植物actin基因的密码子使用特性分析

• 作者: 刘振 成杨 杨培迪 杨阳 赵洋
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: actin基因 密码子用法 密码子偏性
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 519-523
• 页数: 5页
• 分类号: Q943.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2016.04.519

摘要

[目的]分析13种植物actin基因的密码子组成、密码子偏性及聚类关系,了解其密码子使用模式及影响密码子使用的因素,为深入研究分子进化及物种进化提供参考.[方法]运用CodonW 1.4.4软件分析13种植物的肌动蛋白基因(actin)密码子组成及使用参数,并对影响密码子偏性的因素进行研究.应用MEGA 4.1对13条基因的CDS序列进行聚类分析,采用SPSS 20.0进行密码子偏性的聚类分析.[结果]双子叶植物中actin基因的GC含量为45.0％～51.2％、GC3s含量为36.3％～53.8％,单子叶植物中GC含量为53.0％～58.3％、GC3s含量为60.9％～75.8％;actin基因在单子叶植物中偏爱G/C结尾的密码子,双子叶植物中偏爱A/T结尾的密码子.GC和GC3s与有效密码子数(ENC)呈极显著负相关(P＜0.01),相关系数均为-0.906.ENC绘图分析结果表明,actin基因密码子偏性同时受突变和选择压力影响,单子叶植物受选择压力影响的程度大于双子叶植物.基于actin基因密码子偏性的聚类将单子叶植物高粱、玉米聚为一类,水稻、大麦、竹聚为一类,8种双子叶植物聚为一类.[结论]actin基因密码子偏性与碱基组成密切相关,其密码子偏性在单、双子叶植物间存在差异,依据密码子偏性的聚类能在一定程度上反映物种间的亲缘关系.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘振	湖南省农业科学院茶叶研究所	23	171	7.0	12.0
2	赵洋	湖南省农业科学院茶叶研究所	20	158	6.0	12.0
3	杨培迪	湖南省农业科学院茶叶研究所	18	81	5.0	7.0
4	成杨	湖南省农业科学院茶叶研究所	17	58	4.0	6.0
5	杨阳	湖南省农业科学院茶叶研究所	22	181	7.0	12.0