基于支持向量机的脂肪酶耐热序列与嗜热序列分类研究

• 作者: 周洪波 王玉光 许尤厚 赵伟 郑甲
• 来源期刊: 中南大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 氨基酸组成 多肽片段 非相邻二元组合 蛋白质热稳定性 支持向量机
• 年，卷（期）: 2011,（9）
• 所属期刊栏目: 矿业工程·冶金工程·化学与化学工程
• 页码范围: 2543-2550
• 分类号: Q816
• 字数: 6013字
• 语种: 中文

摘要

从GenBank数据库中获取了微生物来源的嗜热脂肪酶序列77条,耐热脂肪酶序列65条,分别统计分析序列中20种氨基酸出现的频次,二肽片段、三肽片段出现的差异以及非相邻二元组合的偏爱性.在此基础上,利用支持向量机(SVM)进行序列分类研究.研究结果表明:在统计学意义上,20种天然氨基酸残基中,亮氨酸、脯氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸在嗜热蛋白序列中出现的频率高于其在耐热蛋白中出现的频率;二肽片段KC,EE,KE,RE,VE,YI,EK,VK,EV,YV,EY,KY,VY和YY的出现频率在嗜热蛋白中显著高于其在耐热蛋白中出现的频率.三肽片段的出现频率和非相邻二元组合的序列偏爱性也显示与蛋白耐热性显著相关.训练集的分类准确率达99.65％,真实数据集的分类准确率达到98.41％.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周洪波	中南大学资源加工与生物工程学院	65	575	14.0	20.0
2	赵伟	中南大学资源加工与生物工程学院	28	319	11.0	17.0
3	郑甲	中南大学资源加工与生物工程学院	10	42	3.0	6.0
4	王玉光	中南大学资源加工与生物工程学院	9	40	3.0	6.0
5	许尤厚	中南大学资源加工与生物工程学院	2	5	1.0	2.0