拟南芥核苷二磷酸激酶基因家族的生物信息学比较与分析

• 作者: 孙小洁 王增兰
• 来源期刊: 河南农业科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 拟南芥 生物信息学 核苷二磷酸激酶家族 序列分析 系统分析
• 年，卷（期）: 2012,（4）
• 所属期刊栏目: 作物栽培·遗传育种
• 页码范围: 38-44
• 分类号: Q71
• 字数: 3457字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-3268.2012.04.009

摘要

为研究拟南芥核苷二磷酸激酶家族(AtNDPKs)5个成员之间的差异,对其在蛋白质结构、磷酸化位点、信号肽序列、功能区方面的差异进行了生物信息学的比较分析,并建立了系统进化树.结果显示,5个成员在等电点、吸光值和亲水性方面的差异明显.二级结构中,AtNDPK2的α螺旋比例与其他成员差异显著；在β转角和无规则卷曲方面,AtNDPK1a与AtNDPK3a表现出相反的情况.5个成员各含有1个NDK结构域,但分布位置不同.AtNDPK3a中酪氨酸磷酸化明显增多,AtNDPK1a的磷酸化位点与其他成员差异显著.AtNDPK1和AtNDPK2的信号肽裂解点位于第16和17位氨基酸之间,AtNDPK3和AtNDPK3a的位于第42和43位之间,而AtNDPK1a的位于第24和25位之间.AtNDPK1a的进化地位高于其他成员,AtNDPK3与AtNDPK3a的亲缘关系最近,而AtNDPK1与其他成员的亲缘关系较远.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王增兰	山东师范大学山东省逆境植物研究重点实验室	14	340	7.0	14.0
2	孙小洁	山东师范大学山东省逆境植物研究重点实验室	2	2	1.0	1.0