基于变长子串的DNA重复序列预归并屏蔽方法

• 作者: 杨进才 蔡葵
• 来源期刊: 武汉理工大学学报（信息与管理工程版）
• 学科: 工学
• 关键词: 序列拼接 重复序列 屏蔽 变长子串 预归并
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 学术论文
• 页码范围: 16-19
• 分类号: TP301.6
• 字数: 2695字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3963/j.issn.1007-144X.2012.01.005

摘要

针对DNA序列拼接中的重复序列识别及屏蔽问题,通过对前期定长子串方法的改进,提出了一种基于变长子串的新算法.新算法在扫描shotgun集合时,可以搜集到任意长度子串的重复信息,进一步精确定位重复序列位置；然后利用变长子串信息对相应的shotgun片段进行预归并,缩减shotgun集合规模.计算机模拟分析表明,新算法识别重复序列较之定长子串方法精确度更高,并可以有效降低拼接时的计算复杂度.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨进才	华中师范大学计算机科学系	46	183	7.0	11.0
2	蔡葵	武汉理工大学华夏学院	4	1	1.0	1.0