慈竹CCoAOMT基因的克隆及生物信息学分析

• 作者: 任鹏 卢学琴 吴晓宇 周美娟 曹颖 李晓瑞 胡尚连
• 来源期刊: 南京林业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 慈竹 CCoAOMT 基因克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 17-22
• 分类号: S718.46|Q785
• 字数: 5584字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.2012.03.005

摘要

咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶是木质素生物合成过程中的关键酶之一.该研究以慈竹嫩茎为材料,采用RT-PCR及RACE方法,克隆CCoAOMT基因,并对其进行生物信息学分析.结果表明:1个慈竹CCoAOMT基因cDNA全长序列被成功克隆,该序列全长为1080bp,含有1个777bp的读码框,编码了1个包含258个氨基酸的蛋白质,分子质量约为28.861ku,等电点为5.33,二级结构中α-螺旋占42.25％,β-转角占8.91％,延伸链占15.89％、无规则卷曲占32.95％.对氨基酸多序列比对发现,慈竹与绿竹的CCoAOMT1基因亲缘关系最近,但慈竹CCoAOMT基因编码的氨基酸与绿竹相比,在第10位点上发生了缺失,5个位点发生了变异.慈竹、绿竹、毛竹、玉米CCoAOMT基因编码的氨基酸中都含有1个相对保守的无序化区域.NaCCoAOMT1基因组织表达结果表明,其在未展开叶、笋上部和中部、茎的上部和中部的表达量较高.笔者将克隆并获得的慈竹木质素合成酶CCoAOMT基因全长序列(GenBank注册号为JF742462)命名为NaCCoAOMT1,分析认为其可能与慈竹木质素生物合成有关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴晓宇	西南科技大学生命科学与工程学院	2	31	2.0	2.0
2	胡尚连	西南科技大学生命科学与工程学院	117	751	15.0	20.0
3	曹颖	西南科技大学生命科学与工程学院	80	469	12.0	17.0
4	卢学琴	西南科技大学生命科学与工程学院	64	396	11.0	15.0
5	任鹏	西南科技大学生命科学与工程学院	23	128	7.0	10.0
6	周美娟	西南科技大学生命科学与工程学院	4	38	3.0	4.0
7	李晓瑞	西南科技大学生命科学与工程学院	3	31	2.0	3.0