大规模GO注释的生物信息学流程

• 作者: 柯才焕 陈军 黄子夏
• 来源期刊: 厦门大学学报（自然科学版）
• 学科: 工学
• 关键词: LSGAP GO注释 基因功能 生物信息学
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 139-143
• 分类号: Q7|TP319
• 字数: 3355字
• 语种: 中文

摘要

随着新一代测序技术的不断发展,海量的序列数据将为生物学研究者挖掘基因信息提供巨大的资源.信息挖掘的一项重要工作是对序列进行功能注释,其中最重要的功能注释方式是基因本体论( Gene Ontology,GO)的注释.利用生物信息学方法和软件工具集成了针对EST序列的大规模GO注释流程(large-scale GO annotation pipeline,LSGAP).该流程集合了BLAST、B2g4pipe以及Wego等软件和Swissprot、Nr或Interpro等常用蛋白数据库.用户可以将EST序列通过此流程最终获得可视化的GO分类统计图表,直观地显示基因在不同过程中的参与情况.为了验证LSGAP的准确性,对2007年发表的美洲牡蛎(Crassostrea Virginica)的EST序列进行了LSGAP分析,结果表明GO分析非常准确有效.通过与Blast2go和GoBlast等GO注释软件进行比较,LSGAP流程具有可以本地化运行BLAST、对硬件要求低和运行时间短等诸多优势,因此LSGAP流程是科研人员进行基因功能挖掘的有效工具.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	柯才焕	厦门大学海洋与环境学院	72	850	18.0	25.0
2	陈军	厦门大学海洋与环境学院	14	51	4.0	6.0
3	黄子夏	厦门大学海洋与环境学院	2	20	1.0	2.0