蕙兰GAPDH基因的全长克隆及生物信息学分析

• 作者: 崔波 田云芳 蒋素华 袁秀云
• 来源期刊: 江西农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 蕙兰 GAPDH RACE 生物信息学
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 所属期刊栏目: 生物技术与工程
• 页码范围: 870-877
• 页数: 8页
• 分类号: S682.31
• 字数: 5080字
• 语种: 中文

摘要

根据GenBank中已登陆的GAPDH基因的同源核苷酸保守序列,设计简并引物,采用RT-PCR的方法得到5个875 bp的片段,分别命名为CfGAPDH1-CfGAPDH5,GenBank登录号分别为JN177722-JN177726.同时结合RACE方法得到蕙兰GAPDH基因cDNA全长,命名为CfGAPDH(JX560732),该序列cDNA全长为1 496 bp,具有完整的开放阅读框(ORF,173-1 195 bp),编码340个氨基酸,该基因编码的氨基酸序列与其他植物的GAPDH蛋白有较高的同源性(80％以上).系统进化分析表明蕙兰CfGAPDH基因核苷酸序列与墨兰GAPDH1、GAPDH2和春兰GAPDH1的同源性最高(99％),所编码的氨基酸序列与墨兰GAPDH2的同源性达100％.生物信息学分析推测,该基因编码的蛋白残基主要有两个卷曲螺旋区域,分别位于25和250位点附近,属于不稳定蛋白,亲水性较强,初步推断CfGAPDH是一个胞质型GAPDH,二级结构中的β转角所占比例较高(41.2％),三级结构与春兰和小麦非常相似.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	崔波	郑州师范学院生物研究所	93	393	10.0	13.0
2	袁秀云	郑州师范学院生物研究所	86	590	12.0	20.0
3	蒋素华	郑州师范学院生物研究所	51	180	7.0	10.0
4	田云芳	郑州师范学院生物研究所	26	100	7.0	9.0