蛋白质氨基酸序列的粒度概念及其在蛋白质预测中的应用

• 作者: 刘智新 包丽华 杨洪强
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白粒度 蛋白粒度的界 蛋白粒度的极限 蛋白粒度增量 蛋白预测
• 年，卷（期）: 2013,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 222-234
• 页数: 13页
• 分类号: Q61
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1260.2013.30035

摘要

从蛋白质氨基酸序列的组成出发,借鉴物理学中粒度的思想,提出了蛋白质氨基酸序列的粒度概念,使用蛋白粒度对氨基酸序列进行分析,进一步给出了蛋白粒度的阶、蛋白粒度的界、蛋白粒度的极限、蛋白粒度增量等概念.发现了一些有益的现象:蛋白粒度沿序列不均匀分布；每条蛋白质序列都有各自的蛋白粒度极限；对于所有蛋白质来讲,蛋白的各阶粒度都有共同的界.从蛋白质预测的应用角度还可以得出:蛋白粒度包含了氨基酸序列的组成信息和排列信息,还包含了同种氨基酸的互邻信息；更可贵的是,蛋白粒度增量自然包含了氨基酸序列的长度信息.为了证明蛋白粒度包含了这些信息,分别选择Chou的359个蛋白的二级结构分类数据集,以及Zhou和Doctor的98个凋亡蛋白的定位数据集进行预测,通过Jackknife检验,总体预测精度分别为97.2％和94.9％,比最初的预测分别高出了13和22个百分点,预测结果都有了大幅度的提升.理论分析结论和预测实际结果都表明,蛋白粒度及有关概念的提出是合理的,它从物质凝聚成粒这个角度出发,对氨基酸形成蛋白质序列的过程进行了揭示和刻画,具有一定的生物学理论与实践价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨洪强		92	2172	28.0	42.0
2	包丽华		6	11	2.0	3.0
3	刘智新		9	21	3.0	4.0