藏羊 VEGF-A 基因编码区多态性及生物信息学分析

• 作者: 刘建斌 岳耀敬 张勇 杨博辉 王朝风 赵兴绪 韩吉龙
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 藏羊 VEGF-A基因 多态性 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 页码范围: 53-58
• 页数: 6页
• 分类号: Q78
• 字数: 4742字
• 语种: 中文

摘要

为研究藏羊VEGF-A基因编码区多态性与藏羊耐高寒、缺氧环境的相关性，以藏羊的血样为材料，运用DNA池测序和直接测序法检测VEGF-A基因的序列变异，比较其基因型频率和等位基因频率的差异，并对不同的多态位点间进行连锁不平衡和单倍型分析。然后预测蛋白质序列的改变，并用生物信息学软件对蛋白质序列的结构及性质进行分析。结果表明，在藏羊VEGF-A的编码区中有3个多态性位点，SNP2（g．15020T/A）碱基的突变导致了半胱氨酸变为丝氨酸。此氨基酸的变化并没有引起基因所编码蛋白的二级结构的变化。二级结构主要以无规则卷曲和α螺旋为主。 SNP1（g．15005T/A）的基因型频率和等位基因频率在藏羊群体中和湖羊群体中差异不显著（P＞0．05），而SNP2（g．15020T/A）、SNP3（g．15020T/A）的基因型频率和等位基因频率在藏羊群体和湖羊群体中差异显著（P＜0.05），SNP2（g．15020T/A）、SNP3（g．15020T/A）的等位基因A是藏羊群体中的优势等位基因，SNP2和SNP3处于紧密连锁不平衡状态（D′＞0．75，r2＞0．33）。在单倍型分析中发现6种单倍型，其中TTT是藏羊群体中的主要单倍型。这可能与藏羊耐高寒、缺氧环境有关，可以尝试作为藏羊低氧适应性的候选分子标记，为藏羊遗传资源的保护、开发与新品种的选育提供科学依据。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵兴绪	甘肃农业大学动物医学院	178	766	13.0	19.0
2	张勇	甘肃农业大学动物医学院	147	410	9.0	11.0
3	刘建斌	中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所	60	417	10.0	19.0
4	岳耀敬	中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所	29	54	5.0	5.0
5	王朝风	甘肃农业大学动物医学院	1	1	1.0	1.0
9	韩吉龙	中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所	1	1	1.0	1.0