参薯ADP-ribosylation factor(ARF)基因的生物信息学分析

• 作者: 吴文嫱 许云 谢俊 陈银华 高洪昌 黄东益 黄小龙
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 参薯 ARF基因 生物信息学 聚类分析 蛋白结构
• 年，卷（期）: 2013,（7）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 1069-1075
• 页数: 7页
• 分类号: S567.239
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.7.1069

摘要

[目的]对参薯等11种植物的ARF基因进行生物信息学分析,为深入研究植物ARF基因的结构与功能分析奠定基础.[方法]对参薯ARF同源序列进行克隆和序列测定,利用生物信息学相关软件对参薯等11种植物的ARF的核苷酸序列、氨基酸序列、组成成分、疏水性/亲水性、蛋白质二级和三级结构、信号肽、跨膜结构、导肽进行分析.[结果]参薯ARF基因同源片段大小为1200bp.系统进化分析结果表明,参薯等11种植物的ARF氨基酸序列可分为Ⅰ和Ⅱ两大类,细分A、B、C、D、E5个亚族,其中参薯ARF1和蒺藜苜蓿组成一个亚族,参薯ARF2和风信子组成一个亚族.参薯ARF的氨基酸序列中存在GTP/Mg2+结合位点和G2、G3保守区域,具有两个相同的效应结构域Switch1和Switch2.参薯ARF蛋白结构以无规则卷曲为主,三级空间结构不稳定.ARF蛋白为疏水性、脂溶性蛋白,无信号肽,存在明显跨膜结构域；ARF导肽无明确定位,预测等级为3级.[结论]参薯ARF蛋白结构的特殊性为其执行物质转运和参与信号转导功能奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄东益	海南大学农学院	77	655	12.0	23.0
2	黄小龙	海南大学农学院	52	512	9.0	21.0
3	陈银华	海南大学农学院	35	254	9.0	14.0
4	谢俊	海南大学农学院	12	100	5.0	10.0
5	许云	海南大学农学院	26	79	5.0	7.0
6	吴文嫱	海南大学农学院	24	63	5.0	7.0
7	高洪昌	海南大学农学院	3	5	1.0	2.0