中华攀雀线粒体基因组全序列测定与分析

• 作者: 雷富民 高瑞瑞 黄原
• 来源期刊: 动物学研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 中华攀雀 线粒体全基因组 蛋白编码基因 tRNA二级结构 rRNA二级结构 控制区
• 年，卷（期）: 2013,（3）
• 所属期刊栏目: 非专题
• 页码范围: 228-237
• 分类号: Q959.7+39|Q52
• 语种: 中文
• DOI: 10.11813/j.issn.0254-5853.2013.3.0228

摘要

该研究使用长PCR扩增和引物步移法测定了中华攀雀(Remiz consobrinus)线粒体基因组全序列,在对序列进行拼接和注释的基础上,分析了其结构、序列组成及蛋白编码基因密码子使用情况等,并对22个tRNA和2个rRNA的二级结构以及控制区结构进行了预测及系统发育分析,为雀形目鸟类的系统发育研究提供了新信息.中华攀雀线粒体基因组全长16737 bp,GenBank登录号KC463856,碱基A、T、C、G的含量分别为27.8％、21.5％、35.4％及15.3％, 37个基因排列顺序与已报道的其他鸟类基本一致,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因及1个非编码的控制区(D-loop),有18对基因间共存在77 bp的间隔,7对基因间共存在30 bp的重叠.除ND3基因的起始密码子为ATT外,其余均为标准的ATG,11个蛋白编码基因的终止密码子为TAA、TAG、AGA或AGG,2个为不完全终止密码子T(COⅢ、ND4).除tRNASer-AGN DHU臂缺失外,其余21个tRNA均可形成典型的三叶草结构,在出现的27处碱基错配中有19处为常见的G-U错配.SrRNA和LrRNA二级结构分别包含3个结构域47个茎环结构和6个结构域60个茎环结构,与所发表的其他鸟类rRNA二级结构大体一致.中华攀雀控制区发现了同样存在于其他鸟类控制区的保守框F-box、D-box、C-box、B-box、Bird similarity-box 和CSBl-box.该研究支持将攀雀科作为独立的科,同时,支持莺总科与攀雀科的单系性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	雷富民	中国科学院动物研究所动物系统与进化重点实验室	68	1093	20.0	30.0
2	黄原	陕西师范大学生命科学学院	84	847	16.0	24.0
3	高瑞瑞	陕西师范大学生命科学学院	1	4	1.0	1.0