肺鳞癌全基因组 lncRNAs 表达研究

• 作者: 刘昭前 尹继业 李湘平 王瑛 郑艺 钱晨月 陈娟
• 来源期刊: 肿瘤药学
• 学科: 医学
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 页码范围: 319-320
• 页数: 2页
• 分类号: R734.2
• 字数: 895字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1264.2013.079

摘要

肺癌是世界范围内癌症死亡的主要原因，而肺鳞癌是肺癌中最常见的组织病理类型，约占原发性肺癌的40～50％。临床和分子机制研究表明肺鳞癌是多因素复杂疾病。长链非编码 RNA（long noncoding RNA, lncRNA）是长度大于200 nt 的非编码 RNA 的统称。最初的研究认为它是转录组的“噪音”，但近十年来的生命科学研究发现，它们参与了多项生物调控过程。有研究表明 lncRNAs 在许多癌症类型中均异常表达。本研究通过全基因组 lncRNAs 表达研究探索 lncRNAs 是否有可能与肺鳞癌的形成相关。我们从中南大学湘雅医院收集了16例肺鳞癌手术病人的肺癌及癌旁组织并保存于液氮中，采用 Trizol法提取组织总 RNA，反转录成 cDNA，体外转录合成 cRNA，使用 RNA 纯化柱纯化 cRNA，以 cRNA 为模板，用随机引物进行反转录，荧光标记反转录产物，最后进行 Agilent human 4×180 K 芯片杂交。使用 Agilent Feature Extraction（v10.7）软件对杂交图片进行分析并提取数据，然后用 Agilent GeneSpring 软件对数据进行归一化和差异分析，使用 R 语言对归一化后的表达数据进行统计分析。此芯片中设计了总共38361个 lncRNAs 探针，我们的数据结果显示，肺鳞癌组织组与正常肺组织组比较，有28055个 lncRNAs 探针的表达有一定水平的改变，其中3460个显著差异表达（倍数变化绝对值≥2），而我们对所有样本对统计发现，127个在所有肺鳞癌组织中与配对正常组织相比，其表达有显著差异。在这3460个 lncRNAs 中，1559个 lncRNAs 表达下调，1901个 lncRNAs 表达上调，绝大部分 lncRNAs 的功能未知，因此我们试图通过构建共表达网络预测lncRNAs 的功能。我们以相关系数0.99和 P<0.05为基础，构建了 lncRNAs 和 mRNAs 的共表达网络，并在此基础上从两个方面对 lncRNAs 可能的靶基因进行预测，分别是顺式距离在10 Kb 内的 lncRNA-mRNA 对和与 mRNA 的3’UTR 的序列比对相似的 lncRNA-mRNA 对，共得到33个 lncRNA-mRNA 对。对这33个 mRNA 进行分析发现，TERC 很可能是非小细胞肺癌的诊断标志物，因此考虑与之对应的两个 lncRNA：ENST00000363312和 sno-RNA_scaRNA_0_548也可能作为非小细胞肺癌的诊断标志物。因此我们得出结论：肺鳞癌组织中差异表达的 lncRNAs 可能参与到肺癌的发展过程中，也可能作为未来肺鳞癌的潜在治疗靶标。