大豆高密度SNP标记遗传图谱构建方法的比较

• 作者: PERRY Cregan 宋启建 文自翔 李洪连 王德春 谭瑞娟 邢小萍 顾翠华
• 来源期刊: 河南农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 单核苷酸多态性 大豆遗传连锁图谱 算法
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 所属期刊栏目: 作物科学
• 页码范围: 671-676
• 页数: 6页
• 分类号: S565.1
• 字数: 4663字
• 语种: 中文

摘要

以对大豆猝死病抗性不同的大豆品系U01-390489 x E07080所衍生的F4∶5代96个家系的C2连锁群上50个多态性SNP标记位点为基础数据,对比分析了利用Joinmap4.0及Icimapping 2个软件不同计算方法所构建的遗传图谱的异同及优劣.结果表明,Icimapping构建的图谱长度较Joinmap4.0所建图谱短,Icimapping包含的几种算法构建的图谱长度相近,Joinmap中Regression的计算方法所构建的遗传图谱与soybase上的一致图谱长度最为接近,Maximum Likelihood算法得出的图谱长度与Fixed Order算法图谱长度相近.Icimapping的构建的图谱中,较多的标记聚集于同一位点,其中的几种算法相近.Joinmap中regression算法的图谱结果乱序标记较多,Maximum Likelihood构建的图谱乱序标记较少,与Fixed Order的结果更为接近.研究结果表明,Joinmap的Maximum Likelihood算法更适合于高密度的SNP标记的图谱构建.