基于SLAF-seq技术构建亚麻高密度遗传图谱

• 作者: 伊六喜 侯建华 叶应福 周宇 张辉 斯钦巴特尔 李强 贾霄云 高凤云
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 亚麻 SLAF-seq技术 高通量测序 SNP标记 高密度遗传图谱
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 334-341
• 页数: 8页
• 分类号: S565.903
• 字数: 5680字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7505/j.issn.1007-9084.2017.03.007

摘要

为大量开发SNP用于构建亚麻高质量的连锁遗传图谱,以亚麻品系R43为母本,LH-89为父本,通过杂交构建F2群体,采用SLAF-seq技术,对两个亲本和F2群体100个个体进行高通量测序、SNP标记的开发及亚麻高密度遗传图谱的构建.对参考基因组进行电子酶切预测,最终确定使用HaeⅢ和Rsa Ⅰ酶,酶切片段大小在314 ～414bp的序列定义为SLAF标签.其次,对基因组DNA进行酶切和SLAF文库构建.最后通过高通量测序获得测序数据,进行多态性SLAF的鉴定和SNP标记的发掘,采用HighMap软件构建亚麻高密度遗传图谱.通过高通量测序,共获得196.29M reads,平均质量Q30为81.95％,平均GC含量为38.64％.通过生物信息学分析,共获得260 380个SNP标记,其中有4 547个SNP为高质量SNP标签,用于标记的定位和图谱的构建.共构建15个连锁群,总图距为2 632.94cM,标记间的平均距离为0.92cM.这是在亚麻中首次应用SNP标记构建的高密度遗传图谱,为亚麻的遗传研究和分子标记辅助育种奠定了基础.