基于基因扰动及变分逼近技术的基因调控网络推断

• 作者: 宋铁成 董自健 袁创
• 来源期刊: 东南大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 基因调控网络 验证性因子分析模型 变分逼近 重要性抽样
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 页码范围: 1147-1151
• 页数: 5页
• 分类号: Q78
• 字数: 4138字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-0505.2013.06.003

摘要

为了有效提高基因调控网络推断的精度，基于基因表达数据和基因扰动数据，将基因调控网络建模为结构方程模型，并进一步转化为验证性因子分析（CFA）模型，然后使用贝叶斯方法求解 CFA 模型参数。在贝叶斯分析中，为减少计算量，不采用常用的马尔科夫蒙特卡洛抽样方法，而是采用变分逼近技术对参数的联合后验分布进行因式化，并获得参数的后验包含概率分布及参数的后验分布。同时使用重要性抽样技术对 CFA 模型的推断参数进行加权平均。仿真结果表明，CFA 模型和变分逼近技术是有效和可靠的。根据实验数据，使用所提算法推导了具有35个基因的酵母基因调控网络。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	宋铁成	东南大学信息科学与工程学院	126	1077	17.0	29.0
2	董自健	东南大学信息科学与工程学院	23	70	5.0	7.0
6	袁创	香港理工大学医疗科技及信息学系	1	1	1.0	1.0