裂殖酵母复制起始位点的序列特征分析和预测

• 作者: 刘国庆 蔡禄 赵宏宇 赵秀娟 邢永强
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: DNA复制 k-mer 结构参数 支持向量机
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 463-472
• 页数: 10页
• 分类号: Q61
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1260.2014.40093

摘要

DNA的精确复制是保证基因组完整性的关键.裂殖酵母是研究真核生物DNA复制等基因表达调控过程的重要模式生物.作者统计分析了裂殖酵母复制起始区的碱基组分、k-mer(k=2～4)频数、GC/AT位点偏差和GC/AT位点组分.结果发现:复制起始区的AT含量显著高于非复制起始区,且富含WW(W为A或T)二联体,而非复制起始区富含SS(S为G或C)二联体;复制起始区和非复制起始区的GC/AT位点偏差、GC/AT位点组分也存在显著差异.另外,作者仅基于DNA序列或结构特征,使用支持向量机区分了裂殖酵母复制起始区和非复制起始区,预测总精度约70％.表明DNA序列对裂殖酵母的复制起始有重要影响.该研究对进一步阐明真核生物的复制机制有重要的理论意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蔡禄		128	509	11.0	16.0
2	赵秀娟		51	216	7.0	13.0
3	邢永强		15	17	2.0	3.0
4	赵宏宇		39	136	6.0	10.0
5	刘国庆		12	9	2.0	3.0