全基因组关联分析鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中猪阴囊疝易感基因位点的鉴定

• 作者: 丁能水 任军 吕显山 吴丽花 宿英 张志燕 杨斌 肖石军 艾华水 邓玮芸 阮国荣 黄路生 龙毅
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 猪 全基因组关联分析 传递不平衡分析 阴囊疝 易感基因
• 年，卷（期）: 2014,（14）
• 所属期刊栏目: 畜牧?兽医?资源昆虫
• 页码范围: 2872-2880
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.14.017

摘要

通过基于单倍型的病例-对照全基因组关联分析(GWAS)鉴别白色杜洛克×二花脸F 2资源家系中影响猪阴囊疝的易感位点及位置功能候选基因，并在远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系（Trio）群体中进行重复验证。利用Illumina porcine 60K SNP芯片对1020头白色杜洛克×二花脸F2资源家系阴囊疝群体(包含19个阴囊疝患病个体)进行扫描获取基因型。通过Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制；剔除个体基因型检出率<90%的个体，剔除SNP位点检出率<90%、哈迪温伯格平衡卡方检验P≤10-3和最小等位基因频率<0.05及性染色体上和无法定位的SNP位点。质控合格的SNP位点用PHASEBOOK构建出F 2资源家系中每个个体的单倍型，并采用隐马尔可夫模型将其归类到数目预先定义的祖先单倍型中。使用基于广义线性混合模型的GLASCOW软件进行利用祖先单倍型的病例-对照全基因组关联分析。采用保守的Bonferroni校正方法得到基因组显著水平和染色体显著水平的阈值。对F 2资源家系中达到染色体显著水平的易感SNP位点在包含237个患病个体的远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行同样的质控，并利用Haploview软件对质控合格的SNP位点分别展开基于单点和基于单倍型的传递不平衡分析(TDT)，进行重复验证。白色杜洛克×二花脸F2资源家系中全部个体的38033个SNP标记通过质控。在GWAS分析中，共发现108个达染色体显著水平(P<2.63×10-5)的猪阴囊疝关联SNP位点，分别位于染色体2、8和17上，最强相关的SNP位点位于17号染色体上。在远缘三联体核心家系群中，724个个体的96个SNP位点通过质控。对质控合格的SNP位点进行基于单点的TDT分析，结果发现5个显著相关的SNP位点得到重复验证(P<0.05)，其中2号染色体上有1个SNP位点和17号染色体上有4个SNP位点，分别位于IQGAP2，CHMP4B，SERINC3，ZNF334等4个基因内或其上下游。基于单倍型的TDT验证分析发现两个易感单倍型框，其中与基于单点TDT验证分析有重合的仅有SSC17上CHMP4B内及下游的两个易感位点。结合疝气发生机制及TDT分析结果，推测IQGAP2和CHMP4B可能是影响猪阴囊疝发生的两个重要的位置功能候选基因。本研究利用基于小样本的GWAS分析和较大样本群验证分析，在SSC2和SSC17上分别鉴别1个和4个阴囊疝易感位点，在SSC17上鉴别到两个易感单倍型。易感位点附近的2个基因IQGAP2和CHMP4B可能是影响猪阴囊疝发生的位置功能候选基因，值得进一步研究。