高通量16S rRNA标签测序法比较人与不同动物肠道微生物组多样性

• 作者: 刘移民 周宏伟 张国霞 彭欣 查龙应 王玉 邓冠华 黎耀涛
• 来源期刊: 生态科学
• 学科: 医学
• 关键词: 微生物组 Illumina测序 动物模型 微生物多样性 16S rRNA
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 851-857
• 页数: 7页
• 分类号: R372
• 语种: 中文
• DOI: 10.14108/j.cnki.1008-8873.2014.05.005

摘要

收集人、大猪、小猪、大鼠、小鼠以及鸡五个不同个体的粪便样品,每个个体取两个平行样,提取总DNA;PCR扩增,获得16S rRNA V6标签片段;Illumina测序;经BIPES以及QIIME分析并比较菌群结构及多样性.研究结果发现,不同物种之间肠道菌群差异较大.五类物种肠道菌群均以厚壁菌门、拟杆菌门、以及变形菌门为主,但鸡的厚壁菌门显著减少,而变形菌门显著增加.从α多样性角度来看,猪肠道菌群种属丰富度及Shannon指数均显著高于人及鸡肠道菌群.从β多样性角度,尽管不同人之间的肠道菌群相似度较低,但不同物种之间相比较,小猪与大鼠肠道菌群与人相似性高于小鼠和鸡肠道菌群.与人类相比,小猪的肠道微生物组最相近,而鸡的肠道菌群相似度最低.