砂梨果皮转录组SNP位点发掘及其功能注释分析

• 作者: 乔玉山 周贺 李浩男 蔡斌华
• 来源期刊: 青岛农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: ‘黄花'梨 转录组 单核苷酸多态性 功能注释 色泽形成
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 农学·园艺·植保
• 页码范围: 105-111
• 页数: 7页
• 分类号: S661.2
• 字数: 4371字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/J.ISSN.1674-148X.2014.02.006

摘要

从褐色砂梨品种‘黄花'(Pyrus pyri folia Nakai ‘Huanghua’)色泽形成期的果皮转录组数据开发SNP分子标记.检测了75764条unigene(总长度55676271bp)序列信息后,在25589条unigene(33.77％)中共发现SNP位点162048个,SNP发生频率为1/344bp,其中转换(transition) 102342个,颠换(transversion) 59706个.在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达31.66％和31.50％.为进一步对得到的SNP所在基因功能进行分析,将包含SNP位点的25589条unigene序列注释到GenBank Nr蛋白数据库、Nt核苷酸数据库和Swiss-prot数据库中,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGG pathway),结合已有研究,筛选到1178个可能与果皮色泽形成相关的SNP标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蔡斌华	南京农业大学园艺学院	39	571	15.0	22.0
2	乔玉山	南京农业大学园艺学院	82	1302	22.0	33.0
3	周贺	南京农业大学园艺学院	2	17	1.0	2.0
4	李浩男	南京农业大学园艺学院	3	23	2.0	3.0