基于Solexa高通量测序的唐古特红景天(Rhodiola algida)微卫星信息分析

• 作者: 付鹏程 张发起 杨慧玲 陈世龙 雷淑芸 高庆波
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 唐古特红景天 高通量测序 微卫星
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 829-834
• 页数: 6页
• 分类号: Q949.751.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2014.06.019

摘要

利用所获得的Solexa高通量唐古特红景天转录组拼接EST序列进行微卫星位点的挖掘分析,期望为红景天属SSR标记的开发提供生物信息学依据.在得到的6552条EST序列中,三碱基最多,占总EST序列的41.50％;单核苷酸和二核苷酸重复类型的SSR含量相似,分别为27.76％和24.76％;二至六碱基微卫星分布密度与其对应的SSR含量成正比.在单核苷酸重复类型中,T和A重复类型最多,分别为总SSR的14.91％、12.70％,而G和C重复类型则很少;在二核苷酸重复类型中,AG重复类型最多,占总SSR的5.60％,GA和TC重复类型次之,分别为4.75％、4.72％;在三核苷酸重复类型中,GAA重复类型最多,为总SSR的1.85％,GAT次之,为1.79％,TTC、TCT、TCA、GGA、GCT、GAG重复类型间的SSR数相差不大;四、五、六核苷酸重复类型则很少.除五、六核苷酸重复类型外,其长度变化与其对应的重复类型碱基长度成反比;同种重复类型中,微卫星的长度与其对应的SSR数成反比.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨慧玲	中国科学院西北高原生物研究所	27	676	15.0	26.0
2	付鹏程	中国科学院西北高原生物研究所	3	0	0.0	0.0
3	张发起	中国科学院西北高原生物研究所	10	17	2.0	4.0
4	陈世龙	中国科学院西北高原生物研究所	20	103	7.0	10.0
5	雷淑芸	中国科学院西北高原生物研究所	2	3	1.0	1.0
6	高庆波	中国科学院西北高原生物研究所	10	53	4.0	7.0