核桃BES-SSR的开发及在遗传多样性分析中的应用

• 作者: 周贝贝 张俊佩 裴东 陈凌娜 马庆国
• 来源期刊: 北京林业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 核桃 BAC末端序列 SSR 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 林 学 Forest Sciences
• 页码范围: 24-29
• 页数: 6页
• 分类号: S664.1|Q943.2|S789.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.06.008

摘要

从NCBI数据库全部已知核桃MboI 基因组BAC文库克隆中下载22740条末端序列( BAC end sequences, BES)。应用MISA软件搜索获得SSR位点4732个,平均每2.8 kb出现1个SSR。在含有单个SSR的BES中,1~3个核苷酸重复的类型占SSR总数的96.86%,A/T、AT/AT、ATT/AAT分别为最丰富的单核苷酸、2核苷酸和3核苷酸重复。选择不同类型和重复次数的SSR设计合成50对引物,从中筛选出多态性引物33对,其中19对引物扩增出1或2个等位基因,无非特异扩增产物。应用这19对引物对20份核桃属不同种的基因型进行SSR分析,结果表明,每对引物检测到2~9个多态性位点,平均多态性位点5.4个；其中17个位点的多态信息含量高于0.5,总平均值为0.662,多态性较高。聚类分析显示,不同基因型按照种属分类及地理起源分组。因此,BES-SSR是一类多态性高,可用于核桃属植物遗传分析的新SSR引物。