绿豆高密度分子遗传图谱的构建

• 作者: 吴传书 吴健新 杨晓明 王丽侠 王素华 程须珍 陈红霖
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 绿豆 遗传连锁图谱 标记
• 年，卷（期）: 2014,（11）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种?种质资源?分子遗传学
• 页码范围: 2088-2098
• 页数: 11页
• 字数: 2650字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.11.003

摘要

【目的】在前期研究的基础上，进一步利用绿豆基因组SSR、EST-SSR、STS和普通菜豆基因组SSR等标记构建绿豆遗传连锁图谱，为绿豆重要性状相关基因的定位、克隆及分子标记辅助选育新品种等研究搭建技术平台。【方法】利用澳大利亚引进的Berken（高感豆象绿豆栽培种）× ACC41（高抗豆象绿豆野生种）及其重组自交系（recombinant inbreed line，RIL）群体，对6686对引物进行PCR扩增及多态性筛选，包括6100对绿豆基因组SSR、149对EST-SSR、13对STS和424对普通菜豆基因组SSR引物，将亲本间多态性引物，进一步分析重组自交系群体。结合前期研究的分子标记数据，利用Mapmarker/Exp 3.0软件构建遗传图谱，并设置LOD≥3.0，最大图距50.00 cM。用Joinmap 4.0软件进行图谱整合。【结果】用2个亲本共筛选了6686对SSR引物，共有3691对引物有稳定的扩增产物，得到有多态的引物有588对。其中，通过磁珠富集法开发的绿豆SSR引物6100对，有效扩增3459对，有效扩增率56.7%，得到多态性引物559对；通过转录组测序开发的绿豆MGCP引物149对，有效扩增126对，有效扩增率84.6%，得到多态性引物21对；通过磁珠富集法开发的菜豆SSR引物424对，有效扩增97对，有效扩增率22.9%，得到多态性引物6对；绿豆STS引物13对，有效扩增9对，有效扩增率69.2%，得到多态性引物2对。表明不同来源和种类的SSR引物在RIL群体亲本中的有效扩增率有明显差别，绿豆EST-SSR引物（84.6%）最高，绿豆STS引物（69.2%）和SSR引物（55.7%）次之，菜豆SSR引物（22.9%）最低。获得一张含有585个标记（499个SSR标记、74个RFLP标记、9个STS标记和3个RAPD标记）的绿豆遗传图谱，图谱总长732.9 cM，包括11个连锁群，每个标记间的平均距离为1.25 cM，平均长度为66.63 cM。每个连锁群长度为45.2-112.8 cM，每条染色体上面的标记数为35-92个，平均53.18个。标记位点数最多的连锁群LG1含92个标记，长度为112.8 cM；标记位点数最少的连锁群LG11仅含有35个标记，长度为48.7 cM。对图谱的585个标记位点进行χ2测验，在P＜0.05和P＜0.01条件下，分别有79个和151个标记表现为偏分离，占总标记位点数的39.3%。【结论】构建了一张目前国内外发表的标记数最多、密度最高的绿豆遗传连锁图谱。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	程须珍	中国农业科学院作物科学研究所	67	826	19.0	24.0
2	王丽侠	中国农业科学院作物科学研究所	46	601	16.0	23.0
3	王素华	中国农业科学院作物科学研究所	48	642	17.0	23.0
4	杨晓明	甘肃农业大学生命科学技术学院	40	256	9.0	14.0
6	吴传书	甘肃农业大学生命科学技术学院	1	12	1.0	1.0
10	陈红霖	中国农业科学院作物科学研究所	8	53	5.0	7.0
11	吴健新	中国农业科学院作物科学研究所	1	12	1.0	1.0