基于桑树转录组测序的SSR标记开发和引物筛选

• 作者: 唐翠明 姚刘慧 戴凡炜 王振江 罗国庆
• 来源期刊: 蚕业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 桑树 转录组测序 分子标记 简单重复序列
• 年，卷（期）: 2015,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 18-27
• 页数: 10页
• 分类号: Q946-33|S888.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.13441/j.cnki.cykx.2015.01.005

摘要

以桑树品种抗青10号植株的幼叶和根部为材料进行高通量转录组测序,获得60 069条unigene序列,运用MISA软件从中搜索到10 268个SSR位点,并针对这些SSR位点建立了EST-SSR引物数据库.从EST-SSR引物数据库中随机挑选100对SSR引物对抗青10号植株叶片的基因组DNA进行PCR验证,有87对引物可以扩增出条带,其中58对引物扩增的片段大小与预期相同,26对引物扩增的片段大于预期片段,3对引物扩增的片段小于预期片段.100对引物涉及的SSR位点中,基序重复单元长度为3个核苷酸的占46％,为2个、4个、5个、6个核苷酸的分别占12％、10％、10％、22％.KEGG代谢通路分析100对引物所在unigene的功能主要涉及新陈代谢、甘油磷脂代谢、醚脂代谢等途径,扩增条带最多的引物SSR28所在的Unigene5642主要参与新陈代谢.实验结果证明了基于高通量桑树转录组测序数据开发SSR标记的可行性及高效性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	罗国庆		100	552	15.0	18.0
2	唐翠明		68	494	15.0	19.0
3	戴凡炜		18	50	4.0	6.0
4	王振江		35	230	11.0	14.0
5	姚刘慧		1	0	0.0	0.0